Yu-Gi-Oh! fut l'un des premiers titres annoncés sur Nintendo DS, il faut dire que l'univers Yu-Gi-Oh! connaît un succès phénoménal au Japon. Cet épisode DS utilisera l'écran tactile et le double écran. L'écran du haut affichera le jeu de carte en 3D avec une modélisation 3D de certains éléments. Enfin, Yu-Gi-Oh! Nightmare Troubadour permettra à plusieurs joueurs de s'affronter en wireless.